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紫外线消毒是一种物理方法，它不向水中增加任何物质，没有副作用，这是它优于氯化消毒的地方，它通常与其它物质联合使用，常见的联合工艺有UV+H2O2、UV+H2O2+O3、UV+TiO2，这样，消毒效果会更好。
紫外线系统的经济学决定于以下因素：设备造价和寿命；电效率；运行中杀菌效果的降低程度；电费等。对于紫外线消毒系统的经济分析尚未做出定论，有很多结论不同的分析报道，有观点认为紫外线杀菌装置电耗大，设备维护费和造价较高。对于大系统，设备投资比臭氧系统高，运行费用与臭氧相仿；但对于纯净水制造的小型系统投资较臭氧装置为低。也有观点认为对于数千吨/日以上的处理规模，紫外线消毒系统的投资和运行成本很具优势，要比加氯和臭氧消毒的花费都低得多。例如有分析资料报道，在建造人口数为10~25000范围的小型饮用水处理厂时，紫外线、二氧化氯和臭氧消毒费用的近似比例为1:4：（8~9），对于人口数大于500000的社会团体，费用比约为1:2.5:2.5。
大多数紫外线装置利用传统的低压紫外灯技术，也有一些大型水厂采用低压高强度紫外灯系统和中压高强度紫外灯系统，由于产生高强度的紫外线可能使灯管数量减少90%以上，从而缩小了占地面积，节约了安装和维修费用，并且使紫外线消毒法对水质较差的出水也适用。
辐照剂量是所用紫外线灯在照射物品表面处的辐照强度和照射时间的乘积。因此，根据紫外线光源的辐照强度，可以计算出需要照射的时间。例如，用辐照强度为70 uW/CM2的紫外线表面消毒器近距离照射物品表面；选择的辐照剂量是100000 uW.s/CM2；则需照射的时间是：
100000 uW.s/CM2 ÷70 uW/CM2=24分钟。
人们利用紫外线杀菌原理把的杀菌消毒技术又引入了日常生活的杀菌消毒领域，这种应用在日常生活中的室内、家居、车载、冰箱杀菌器和工业用杀菌器都是利用高频C波段紫外线在20秒至1分钟内对各种微生物的DNA产生破坏作用，能够杀死99%的和病毒，包括： 流感、肝炎病毒、大肠、金黄葡萄球菌、枯草黑色变种芽孢及多种霉源体、源，给人群提供安全的衣食住行环境，特别适用于餐具、个人和公共物品、玩具以及其他物品的表面快速消毒、除臭除味、清新空气等。
当紫外线照射到微生物时，便发生能量的传递和积累，积累结果造成微生物的灭活，从而达到消毒的目的。当、病毒吸收超过3600~65000uW/c㎡剂量时，对、病毒的去氧核醣核酸（DNA）及核醣核酸（RNA）具有强大破坏力，能使、病毒丧失生存力及繁殖力进而消灭、病毒，达到消毒灭菌成效。紫外线一方面可使核酸突变、阻碍其复制、转录封锁及蛋白质的合成；另一方面，产生自由基可引起光电离，从而导致细胞的。
