ChIP-seq

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ChIP-seq，指的是结合位点分析法，作用为研究体内蛋白质与DNA相互作用。染色质共沉淀技术（Chromatin Immunoprecipitation，ChIP）也称结合位点分析法，是研究体内蛋白质与DNA相互作用的有力工具，通常用于转录因子结合位点或组蛋白特异性修饰位点的研究。将ChIP与第二代测序技术相结合的ChIP-Seq技术，能够地在全基因组范围内检互测与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段。
将ChIP与第二代测序技术相结合的ChIP-Seq技术，能够地在全基因组范围内检测与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段。ChIP-Seq的原理是：通过染色质共沉淀技术（ChIP）特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段，并对其进行纯化与文库构建；然后对富集得到的DNA片段进行高通量测序。研究人员通过将获得的数百万条序列标签定位到基因组上，从而获得全基因组范围内与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段信息。
实验流程
（1）甲醛交联整个细胞系（组织），即将目标蛋白与染色质连结起来；
（2）分离基因组DNA，并用超声波将其打断成一定长度的小片段；
（3）添加与目标蛋白质特异的抗体，该抗体与目标蛋白形成沉淀结合复合体；
（4）去交联，纯化DNA即得到染色质沉淀的DNA样本，准备测序；
（5）将准备好的样本进行深度测序。 [1]
生物信息分析流程
（1）将测序得到的短序列片段匹配到参考基因组序列上。
（2）有一部分短序列不能匹配到参考基因组上，有可能是未知的基因组序列；另一部分是能够匹配到基因组上的短序列，通常要对这些短序列进行覆盖度计算。
（3）从匹配到基因组上的短序列中进行富集区域的扫描。通常扫描到的富集区即被认为是蛋白质与DNA相互结合的区域（也有假阳性位点等的影响）。
（4）对扫描到的富集区做深度分析，包括基因，GO注释，利用基因浏览器进行可视化浏览，研究与基因结构的关系等。
测序
对客户提供的ChIP样品（如果有阴阳参启动子区域或DNA序列的）进行定量检测，检测合格后进行测序文库构建、DNA成簇（Cluster generation）扩增、高通量测序。
基本数据分析
数据产出统计：对测序结果进行图像识别（Base calling），去除污染及接头序列；统计结果包括：测定的序列（Reads）长度、Reads数量、数据产量。
数据分析
标准数据分析内容包括：
（1）ChIP-Seq序列与参考序列比对；
（2）Peak calling：统计样品Peak信息（峰检测及计数、平均峰长度、峰长中位数）；
（3）统计样品Uniquely mapped reads在基因上、基因间区的分布情况及覆盖深度；
（4）给出每个样品Peak关联基因列表及GO功能注释；
（5）在多个样品间，对与Peak关联基因做差异分析。
应用领域
编辑
由于ChIP-Seq的数据是DNA测序的结果，为研究者提供了进一步深度挖掘生物信息的资源，研究者可以在以下几方面展开研究：
（1）判断DNA链的某一特定位置会出现何种组蛋白修饰；
（2）检测RNA polymerase II及其它反式因子在基因组上结合位点的定位；
（3）研究组蛋白共价修饰与基因表达的关系；
（4）CTCF转录因子研究。